夕刻。雪の舞い散る教会。血の海に沈む母、水脈を抱いた伊達京介は事情も呑み込めぬまま、なす術もなく座り込んでいた。「京…介…、ゴメンね…」やにわに京介の胸にナイフを突き立てる母。薄れゆく意識の中で、京介の体内を確かに貫く、覚醒の鼓動。京介は見知らぬ部屋で目を覚ます。誤って埋葬されていた京介を墓の下から救い出したのは、どこか懐かしさのある女性、岬真夜。二人の魂が呼応するかのように、京介の頬を赤い涙がつたう。翌日、母の墓を訪れた京介は、墓地でホスピタルの刺客・ドクトル凶也の襲撃を受ける。次々と身に降りかかる異常事態に翻弄されるがままの京介を救ったのは壬生シローと名乗る男。真夜の身にまで危険が迫っていることを知った京介はマンションへと急ぐが、時すでに遅く、真夜の姿はない。シローの口から明かされる衝撃の真実。まだ見ぬ妹・琉奈とその分身――真夜を含む複数のフリッカー――の存在、そして真夜誘拐にまつわる多国籍企業・桐原グループの暗躍。京介は真夜を奪い返すためシローと共に桐原の海上基地を目指すのだが…。