総裁エックスにひきいられた恐るべき科学力を持つ謎の秘密結社ギャラクターが、世界征服に乗り出した。最高幹部ベルク･カッツェの指揮の下、繰り出される巨大鉄獣メカが人々を襲う。しかし、この事態を予見していた国際科学技術庁の南部博士は、これに対抗するために特殊部隊、「科学忍者隊」を組織していた。特殊なスーツに身をつつみ、強力なメカと科学忍法を駆使してギャラクターに立ち向かうのは、大鷲の健、コンドルのジョー、白鳥のジュン、燕の甚平、みみずくの竜の5人の若者である。また、メンバーの専用メカが合体したゴットフェニックスは、「バードミサイル」「科学忍法火の鳥」の2大必殺武器を装備。科学忍者隊の切り札でもある。強敵ギャラクターとの激しい戦いのなか、彼らガッチャマンは、親と子の絆、生と死、友情と対立、愛と使命など、それぞれが持つ苦しみに立ち向かいながら、科学の力と正義の心で非道なギャラクターを相手に日夜戦いつづけるのである。提供・森永製菓、万創。