急速に宅地化が進む東京近郊の街で看護師をしている堂元房代（りょう）。小学生の一人息子・潤（田中碧海）とこの町に引っ越してきて7年目の房代は、昼は市の保健センター、夜は夜間休日診療所で働いている。その房代が、夜、担ぎ込まれた一人の中年女性の症状を見て胸騒ぎを覚えた。高熱や全身の麻痺に、光に対する視覚過敏、嗅覚異状などが重なる珍しい症状なのだ。医師の鵜川日出臣（益岡徹）は、この患者を熱中症と診断し、最近、東京から誘致した関東医大付属病院への移送を指示した。だが、その患者は翌日死亡。さらに同じ症状の別の患者が死亡し、新たに2人の患者が発生したと知った房代は、同僚の看護師・中村和子（角替和枝）と感染症の疑いについて話した。死因を問い合わせたものの、医大病院側は、呼吸不全、と死因にもならないような回答をしてきただけであった。房代の診療所に同じ症状の患者が新たに現れる中、医大病院は、一連の患者に対する抗原検査で検出したウイルスから日本脳炎が発生したと発表し、地元の医療機関などに注意を促した。これを受けた市当局は、すぐさま患者の家の周辺の消毒と、蚊の駆除を実施。これまでの患者がほとんど緑の残る窪山地区の住人だったことから、この地区にある市内唯一の養豚場は、重点検査の対象となった。保健センター係長の永井恭子（麻木久仁子）は、日本脳炎ワクチンの接種は有効で、人から人への感染はない、血液感染はしないと住民たちにアピールした。日本脳炎の資料を読み漁った房代は、今回の患者たちの発症から死亡までの期間が短すぎること、住民数に比べて患者が多いことなどから、疑惑を深めた。そして、患者に行った点滴の針を誤って自分の指に刺した和子が自宅で急死したと知った房代は、危機感を募らせ、医大病院の担当医・佐藤（みのすけ）に会って疑問をぶつけた。だが、佐藤は房代を避けるように逃げ回るだけ。これではらちが明かないと見た房代は、直接、教授の辰巳秋水（内藤剛志）に面会し詳しく患者の症状を説明した。実は、房代は、7年前まで、辰巳の愛人で、潤はその子供だった。辰巳は、房代の話に顔を強張らせながらも、日本脳炎説を貫き通した。だが、患者が病院内で、それも自分の身近で発生したと知った辰巳は、驚愕した。なんと部下の佐藤が例の症状で倒れ、「終わる、何もかも、全滅…」と言い残して昏睡状態に陥り、まもなく死亡したのだ。市当局は、患者の発生がなくなったことから、日本脳炎が終息したと考えた。だが、市長が終息宣言を出す前日、ついに患者が爆発的に発生した。窪山地区から離れた所にある遊戯プールで泳いだ客が発症し、21人の死者が出た。関東医大教授の乾は、県の担当者に、今回の感染症が、抗原検査で日本脳炎と同じ判定を示す新型脳炎と説明。感染力、発症率、死亡率のどれをとっても日本脳炎とは比較にならないほど高く、血液感染する恐れもあることを伝えた。そして、日本脳炎のワクチンを受けた人にも感染する恐れがあることを明かした。マスコミは、死亡者25人を出し、さらに猛威を振るう恐れのあるこの新型脳炎を大々的に報道し始めた。パニック状態に陥った市内では、蚊取り線香や殺虫剤が売り切れ、人通りが絶える。市当局は、感染源が特定されないまま、窪山地区への住民以外の立ち入りを禁止。人々は、この新型脳炎を「窪山病」と呼び、この地区の住民に対する差別的な行為が始まった。そんな中、窪山地区の出身だという保健センターの同僚・小西誠（八嶋智人）が、房代に思わぬ話をした。友人の情報によると、市内にある営巣地で今年孵化したコジュケイのヒナが、原因不明のまま死んでいるというのだ。何としても感染源を特定したい小西は、窪山地区にあるコジュケイの営巣地を見てみたいらしい。小西の決死の覚悟を知った房代は、一緒に行くことを約束。やがて、2人は、木々をかき分けて窪山地区の谷に入り込んだ。そして、何羽ものコジュケイのヒナの死骸を発見した房代たちは、そこで世にも恐ろしい光景を目の当たりにして。【以上、日本テレビ広報資料に出演者名と一部役名を補足。補足・練馬大根役者】ロケ協力・飯能市、駿河台大学、ビッグ・エー、社団法人飯能地区医師会、西武ガス、コマヤ、レストランアニバーサリー、サンビームマリンスポーツ。協力・東京医科大学霞ヶ浦病院。医事監修・感染症科　大石　　毅、救急医療部　藤川　　正、看護部の皆さん、広報企画室　坂本　知憲、谷口　正幸（東京慈恵医科大学第三病院）。車輌・フェネック。美術協力・日本光電、ローレライ、オリバーピープルズ、マスダ増、GOLDPFEIL、東京ギャラリー。【データ協力：練馬大根役者】【参考文献：webサイト「Yahoo!オークション」】