多発する凶悪犯罪に対応すべく、警視総監・大石隼斗（里見浩太朗）の発案で組織された「警視庁極秘捜査課」。彼らには殺人以外のいかなる捜査方法も許可されている。「真っ赤な警察手帳」と「金の手錠」を持つ彼らは、極秘捜査課の名のとおり一般市民にその存在を知られることはない。しかし悪の組織や犯罪に手を染める者の間では、その真っ赤な警察手帳を見た者は確実に刑務所送りにされると恐れられている。喫茶店パンジーのマスターをいう表の顔を持つ極秘捜査課の課長・亀田呑（西田敏行）、そしてそのパンジーに入り浸る常連客たちが、実は極秘捜査課の面々なのだ。そのパンジーのトイレの奥には隠し部屋があり、最新機材を備えた捜査本部になっている。彼らは「悪をダマして」逮捕する。変装をはじめ様々な特殊機器を駆使して悪をダマし、悪の組織に潜入することもしばしば。そして犯罪の決定的証拠をつかんで一網打尽にする。正義を愛し悪を憎む極秘捜査課の戦いは今日も続く。【以上、TBS広報資料より引用】「各話サブタイトルは以下の通り。指令1「極秘捜査課見参！」、指令2「大使館潜入大作戦」、指令3「ニセ札女王の野望（偽札女王の野望）」、指令4「顔を盗まれた男」、指令5「死を誘う詐欺師！」、指令6「ニセ極秘捜査課」、指令7「姿なき爆弾魔」、指令8「殺人ロボット」、指令9「疑惑のストーカー」、指令10「貴方の命買います」、指令11「霊感コンサート」、指令12「闇のクローン人間」、指令13「霊感占い師の陰謀」、指令14「命懸けの人質救出」、最終指令「哀しき暗殺者」。【この項、文・練馬大根役者】」時間変更…(1)→18:55-20:54（初回二時間スペシャル）。衣裳協力・酒井　幸男(5)-(12)(14)(15)ほか。ロケ協力・WAFFLE'S(1)-(15)、東京国立博物館(1)、浅草花やしき(1)(15)、古賀オール(1)、リベラルエアー(1)、品川インターシティ(1)、サニースペース(1)、テレコムセンター(1)、フォレスト・イン昭和館(1)、ディファ有明(1)、横浜港国際流通センター(1)、EGUCHI河口湖ハウス(2)、日能研関東(3)、両山堂印刷所(3)、Vantan(3)、葉山マリーナ(4)、Amway(4)、東横イン新宿歌舞伎町(4)、東京水上倶楽部(4)、NTT都市開発(5)、SCECビル(5)、ケーエム縫製(5)、羽田葬祭スミヤ(5)、村山鋼材(5)、銀座クラブチック(5)、第一ホテル東京シーフォート(5)、グランクリュ(6)、Azalea(6)、八王子健康ランドふろッぴィ(6)、ホテルイースト21東京(7)、野村ビルマネージメント(7)、Time24(7)、六本木クラブチック(8)、八重洲大飯店(8)、ホテルカデンツァ光が丘(9)、SELAN(9)、トコスエンタプライズ(9)、塚本エンタープライズ(9)、IKOI LIVINGROOM(9)、Silver.g(9)、Rrown.g(9)、千葉県鋸南町(10)、三石ホーム技研(10)、BLC Manegement Space(10)、八王子いちょうホール(11)、篠原ファーム(12)、鴨田牧場(12)、横浜逓信病院(12)、リーガロイヤルホテル東京(12)、横須賀ロケサービス(13)、横須賀長瀧港(13)、カリモク家具(13)、新横浜ショールーム(13)、ozam(13)、横浜フィルムコミッション(14)(15)、横浜市水道局(14)、埼玉県立大学(14)、品川クリスタルスクエア(14)、相模原フィルムコミッション(15)、西門商店街協同組合(15)、神田外語学院(15)、横浜シンポジア(15)、ホテルキャメロットジャパン(15)、BEANS FARM(15)、Carrefour(15)、新極真会横浜木元道場(15)、ビッグバン(15)、料亭高藤(15)、江戸川河川事務所江戸川河口出張所(15)。協力・フォーチュン(1)-(15)、アックス(1)-(15)、緑山スタジオ・シティ(1)-(15)、スタジオブル(1)-(15)、フェネック(1)-(15)、タカハシレーシング(1)-(15)、LAカンパニー(1)-(15)、東京浅草組合(5)。マジック協力・東京魔術団(1)、(株)森企画事務所(1)。イリュージョンコーディネート・澤村　翔一(1)。水芸協力・ウィッチステーション(2)。水芸指導・松旭斎天暁(2)、瞳　　ナナ(2)。フラメンコ指導・斎藤　克己(3)。ネイル指導・原田　実保(9)。ジャグリング指導・山田　竜史(15)。映像提供・プラスミック(12)。医療指導・冨名腰文人(1)-(15)。【出典：ドラマ本体のクレジット表示より採録（データ協力：練馬大根役者(1)-(15)）】