西暦2015年。南極で発生した大災害・セカンドインパクトから15年、復興の兆しをみせる都市に「使徒」と称される謎の巨大生命体の脅威が迫っていた。特務機関ネルフの最高責任者・碇ゲンドウ（声：立木文彦）の息子シンジ（声：織方恵美）は、父の部下である葛城ミサト（声：三石琴乃）に伴われ第３新東京市の地下基地へと向かう。父子は３年ぶりの再会を果たすが、非情にもゲンドウはシンジに汎用人型決戦兵器・エヴァンゲリオン初号機に搭乗し「使徒」を迎撃することを命じる。一度はそれを拒否したシンジだったが、エヴァンゲリオン零号機の操縦者である少女・綾波レイ（声：林原めぐみ）の負傷した姿を目にし、エヴァンゲリオンに乗り込むことを決意する…。従来のヒットしたアニメのツボを活かして謎の部分を残しながら大きな話題を呼んだアニメーション。特に後半17話以降の盛り上がりが素晴らしいが、ラスト、謎の解決を残したまま心の問題に集約された部分については劣悪な制作条件の中で作画が未完成に近くそれゆえ説明不足となったこともあり賛否両論となった。その後、ラスト２話をベースに再制作した劇場版も公開されヒットした。2003年６月、山形県の23歳の青年が高校生の時に見た本作に出てくる「（人類の）進化の最終結論は滅亡である」という言葉を信じ、人間は地球環境を破壊する不必要なものと考えて、多くの人を殺したいと思い、家族を殺せば、殺人に躊躇（ちゅうちょ）しなくなると考え、母親を殺害するという事件が発生した。【各回サブタイトル】第１回「第壱話　使徒、襲来」、第９回「第九話　瞬間、心、重ねて」。【役名（声の演技者）】碇シンジ（緒方恵美）、葛城ミサト（三石琴乃）、赤木リツコ（山口由里子）、綾波レイ（林原めぐみ）、碇ゲンドウ（立木文彦）、惣流・アスカ・ラングレー（宮村優子）、冬月コウゾウ（清川元夢）、日向マコト（結城比呂）、伊吹マヤ（長沢美樹）、青葉シゲル（子安武人）、加持リョウジ（山寺宏一）、鈴原トウジ（関智一）、相田ケンスケ（岩永哲哉）、洞木ヒカリ（岩男潤子）。